Преподавание и научное исследование в деятельности Ю.Н.Холопова были неразрывно связаны. И наукой, и педагогикой он занимался на протяжении всей жизни, – около полувека. Полагая основным своим делом научно-исследовательскую работу, Холопов, в то же время, с гордостью называл себя «школьным учителем» ¹. Его научные изыскания легли в основу важных преобразований в области преподавания ведущих теоретических дисциплин – гармонии и формы. В то же время, педагогическая работа, несомненно, стимулировала и без того активную мысль ученого: с годами его взору открывалось все больше актуальных научных проблем, которые Юрий Николаевич передавал вместе с комплексом своих идей ученикам для дальнейшей разработки. В итоге ему – одному из немногих современных ученых – удалось создать подлинную научную школу. В ней отразилось важнейшее качество системы научного знания самого Холопова – огромный диапазон проблематики с выходом в смежные области: философию, эстетику, историю, текстологию, медиевистику.

        И в науке, и в педагогике Холопов трудился с максимальной отдачей, и многие ученики в полной мере восприняли от него истовое отношение к работе. По убеждению Юрия Николаевича, музыковед обязан учиться отлично, – в противном случае не следует выбирать эту специальность. Подобные требования были продиктованы не суетными соображениями, но тем значением, которое вкладывалось им в понятие «теории музыки»: она должна раскрывать ни много, ни мало как законы мироздания, а теоретик – musicus, мыслитель о музыке – достоин встать в один ряд с философом, посвятившим свою жизнь поискам «конечных оснований» бытия. Соответствовать столь высокому призванию может тот, кто не жалеет сил для получения знаний и достоин обладать ими.

        Труд Холопова в области музыкальной науки и обучения ей нельзя считать «работой» в обыденном смысле. Это было, скорее, «служение» или даже «подвиг», если иметь в виду его первоначальное значение – как любого деяния, требующего душевного усилия. Подлинное «вèдение» музыки связано с постоянным духовным напряжением, – эту далеко не очевидную истину Холопов терпеливо разъяснял ученикам и доказывал собственным примером на протяжении всей жизни. Ведь музыка, в его понимании, есть «запечатленное движение человеческого духа», а в ее двуединой духовно-материальной природе первенствует, безусловно, духовная составляющая². Поэтому смена звуковых явлений есть не что иное, как следствие новых духовных импульсов, которые в художественных формах запечатлеваются композитором. Задача музыкального ученого, по Холопову, чрезвычайно ответственна – он как знаток основ всеобщей и музыкальной гармонии призван быть, своего рода, «посредником» между божественным источником творчества и композитором³. Если музыкальный философ раскрывает тайну развертывания божественного числа перед человеческим умом, то композитор, облекая число в звучности, тем самым, воссоединяет энергию ума и души⁴. На долю исполнителя остается «материализовать» труд композитора. Все этапы творчества, таким образом, оказываются причастны процессу Божественного Творения, и музыкальный философ стоит ближе всего к его источнику⁵. Поэтому основные формы его деятельности – получение знаний и передача их ученикам – имеют высокий духовный смысл.

        В соответствии с концепцией сущности музыки, переосмысливается общее значение музыкознания как науки. Музыкознание, в понимании Холопова, это не просто «знание музыки» как художественного наследия (что естественно подразумевается), но знание внутренней природы музыки, вùдение воплощенной в ней духовной сущности, которое и составляет ее ценность.

        Вопрос о художественной ценности музыки Холопов поднимает на всех этапах научного исследования, начиная от учебного анализа песенной формы и кончая подведением итогов трехтысячелетнего развития европейской культуры⁶. Адекватное представление о ценности музыки, с его точки зрения, можно получить только в том случае, если отрешиться от «внемузыкальных» понятий и мыслить музыкальными категориями. Однако специальные теоретические, внешне «технологические», понятия раскрывают свой ценностный смысл лишь музыканту, имеющему солидную профессиональную подготовку.

        Таким образом, обучение музыкальной науке (в ее конечном, высоком значении), по всей вероятности, представлялось Холопову длительным процессом, идущим от уяснения самых простых и очевидных правил к постижению всеобщих законов, которым подчинено мироздание. В целом это движение «от явного к сокровенному», то есть от понимания конструктивных элементов и их взаимоотношений («лад») через ценностный анализ к созерцанию мировой Гармонии. В центре же рассмотрения всегда стоит сама музыка, – она подобна смысловому стержню, вокруг которого на разном расстоянии «вращаются» элементы аналитического аппарата.

        Не отрываться от музыки, – таков был девиз Холопова и в науке, и в преподавании. По его убеждению, «музыка есть та истина, которая составляет содержание теории музыки. Процесс познания этой истины, если он должен быть успешным, непременно имеет дело с интердименсиональностью, курсированием между чувственно-образной стихией искусства и рационально-логической формой научной теории» ⁷. Сущность музыки не сводится, по своей природе, к рациональной форме, но ее можно познать с помощью конкретного музыкально-теоретического метода – моделирования художественного предмета. «Знать – значит уметь», – этот старинный показатель мастерства Холопов считал наиболее достоверным. Поэтому все его учебные курсы – и в среднем звене, и в вузе – вели к тому, чтобы ученики могли свободно переходить от теории к практике и собственноручно моделировать ход музыкальной истории в своих письменных работах и импровизациях за инструментом.

        Уподобляясь в своем методе мыслителям Средневековья и Ренессанса, ученый свободно и аргументировано переходил от самых отвлеченных категорий к подробнейшему анализу. Мыслители прошлого во многом были для него наставниками в области научной методологии: в их трудах, помимо всего прочего, его привлекала логическая связанность категорий всех уровней, – от христианской догматики до мельчайших деталей композиции. Последними нельзя жертвовать, потому что они тоже суть проявления Божественного устроения мира. Сам Холопов любое явление рассматривал, в первую очередь, в широком историко-теоретическом контексте, а затем – максимально детализировано, чего требовал и от своих питомцев.